Lehtiö, Janne – Proteogenomics to support targeted cancer treatment selection

Bakgrund

Genomiken har bidragit stort till skräddarsydd behandling av cancerpatienter, men påverkan på den övergripande canceröverlevnad har varit lägre än väntat. Att förutsäga läkemedelssvar baserat på enbart genetisk profil har visat sig vara svårt och till och med ännu svårare när man syftar till att förstå synergistiska effekter av flera genetiska förändringar. Det krävs molekylär information på andra nivåer om cellfunktion för att få mer kunskap om vilket/vilka läkemedel som patienten kommer svara bäst på. Proteomik, där cellens alla proteiner studeras, erbjuder unik och viktig information om den faktiska funktionella nivån i cancercellen.

Beskrivning

Vi har utvecklat en proteogenomikmetod som använts för analys av lungcancer, AML och CLL för att få kunskap om hur genetiska förändringar påverkar proteomet. Vi har hittat distinkta grupper/cluster av tumörer som är relaterade till kliniskt resultat, vilket belyser vikten av att inkludera proteomdata för val av behandling. Vi strävar vi efter att bygga vidare på denna analys med stora kliniska kohorter med proteogenomik och försöka koppla ihop upptäckta fenotypkluster till olika cancerläkemedel inklusive immunterapi läkemedel. Inom projektet kommer paneler av biomarkör användas som utgångspunkt för proteogenomikbaserade kliniska prövningar.

Mål

Syftet med projektet är att skapa bättre förutsättningar till individualisering av cancerbehandling genom att kombinera genom- och proteomanalys. Med detta kan rätt cancerbehandling ges till rätt patient för bästa effekt och med minsta möjliga biverkningar. Vidare genererar vi unik proteomikdata som kommer bidra med ny grundläggande kunskap om hur genomavvikelse kan synergistiskt påverka tumörcelles tillväxtförmåga och därmed bidra med viktiga pusselbitar för framtagandet av nya behandlingar. Detta projekt kommer också bilda ett arbetsflöde mot klinisk implementering av proteogenomik i Sverige.